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Es Director de la Junta de Beneficencia de Guayaquil desde el 2010. Anteriormente, ocupó diversos cargos públicos y privados, como: Miembro del Equipo Negociador del TLC USA-Ecuador, Director de la Comisión de Estudios para el Desarrollo de la Cuenca del Río Guayas, Presidente de la Fundación CENAIM-ESPOL. Fue Embajador Extraordinario y Plenipotenciario del Ecuador ante la República Federal de Alemania, así como Director y Fundador del Banco Bolivariano de Guayaquil. Es Doctor Honoris Causa, título otorgado por la Escuela Superior Politécnica del Litoral en 1998. Recibió la condecoración Gran Cruz al Mérito con Banda y Estrella, concedido por el Presidente de la República Federal de Alemania en el 2003.
Ernesto Noboa ha sido Subsecretario del Ministerio de Agricultura (1984-1985) y se desempeñó como Gerente General de la Corporación Jabonería Nacional S.A. y Vicepresidente de la Sociedad Financiera Financapital. Pertenece al Directorio de la Casa del Hombre Doliente. Fue Presidente de la Cámara de Industrias de Guayaquil y Miembro del Directorio de la Corporación Financiera Nacional (C.F.N).
Es miembro del Comité Ejecutivo del Centro Educativo Técnico–Laboral Montepiedra.
Es Vocal Suplente del a comisión Permanente de Lotería Nacional, desde el 2006. Ejerce las funciones de Presidente de Polimalia S.A.-Poligrup S.A., Director de Atlas Cía. de Seguros, Vicepresidente de la Asociación Pro-Bienestar de la Familia Ecuatoriana (APROFE), Miembro Vitalicio de la International Planned Parenthood Federation/WHR de Nueva York, Miembro de la Junta Directiva de la Cruz Roja. Fue Subinspector del Hospital Luis Vernaza y Cónsul Honorario de Canadá, Fundador y Miembro de la Junta Directiva de la Cámara de comercio Ecuatoriana-Alemana (1976-1982), Miembro de la Junta Directiva de la Cámara de Comercio Internacional (1976-1980).